В соответствии с Положением о лицензировании медицинской деятельности, утвержденным постановлением Правительства РФ от 16 апреля 2012 г. № 291, лицензированию подлежат работы (услуги) по амбулаторной и стационарной (однородной и комплексной) СПЭ. Данное Положение согласно п.1 распространяется на медицинские и иные организации, а также индивидуальных предпринимателей. Как следует из определения Кассационной коллегии Верховного Суда РФ от 16 сентября 2004 г. № КАС04-451, правила лицензирования обязательны лишь для тех учреждений и лиц, которые избрали производство судебно-медицинской экспертизы основным видом своей деятельности. Это утверждение в полной мере относится и к СПЭ.
В процессуальном законодательстве понятие «независимая судебная экспертиза» отсутствует. Законодатель исходит из, своего рода, презумпции независимости эксперта. Независимость эксперта является принципом как государственной, так и негосударственной судебно-экспертной деятельности, ее исходным положением. Оно определяет правовое положение эксперта, включая возможность его отвода, профессиональную и процессуальную самостоятельность эксперта. Эксперт несет личную ответственность за данное им заключение.